El Campus Navojoa de la Universidad de Sonora, inicia sus actividades académicas el 26 de noviembre de 1979 en el antiguo Instituto de Neumología con aulas prefabricadas, siendo una extensión de las escuelas del Centro en Hermosillo, donde destacaban Químico Biólogo, licenciado en Matemáticas, Física, Ingeniero Agrónomo, Contador Público, licenciado en Administración, licenciado en Derecho, licenciado en Sociología, licenciado en Administración Pública, licenciado en Economía, Ingeniero Químico y Geólogo, con la característica de que se cursaban en Navojoa un promedio de tres semestres y el estudiante se tenía que trasladar a Hermosillo para continuar y terminar su carrera profesional. El campus fue estructurado como en un inicio como una extensión en el sur del estado y  estaba estructurada en cinco áreas Académicas, con un jefe de Área, siendo éstas: Químico Biólogo, Agronomía, Física y Matemáticas, Económico Administrativo y Ciencias Sociales, nombrándose un Coordinador Ejecutivo con los secretarios Académico y Administrativo. En sus inicios, la Unidad Regional Sur (hoy Campus Navojoa) de la Universidad de Sonora ofrecía 14 carreras a nivel licenciatura, de las cuales solamente licenciado en Derecho, licenciado en Administración, Contador Público, licenciado en Economía, Ingeniero Agrónomo y Químico Biólogo se cursan completas en la Unidad, y el resto hasta el tercer o quinto semestre para continuar en Hermosillo. La carrera de ingeniero Industrial y Sistemas se hizo terminal en Navojoa debido a la demanda que registró esa licenciatura. En 1987 se desatan procesos importantes a considerar; se empieza el EPA, y en septiembre de ese año se llevan a cabo las primeras evaluaciones curriculares, se eligen a las autoridades administrativas y se instaura el órgano directivo.  En 1988 se eligen por vez primera, con base en una consulta, a los jefes de Área y al director del Bufete Jurídico. En 1989 se avanza en las carreras terminales en Agronomía, en Leyes y Económico Administrativo, y se incrementa las materias en Ciencias e Ingeniería. Para 1990 la matrícula se amplía y la planta docente se duplica, se aprueban los cursos de nivelación y el Bufete Contable y Administrativo. En 1991 se aprobó el reglamento para las evaluaciones curriculares, se implementan los cursos de pre-titulación en las áreas de Agronomía, Ciencias Sociales y Económicas- Administrativo, se lleva a cabo la elección de los jefes de Área, y en este mismo año se desarrolla el proceso electoral para nombrar autoridades administrativas. En noviembre de 1991, el Congreso del Estado aprueba una nueva Ley Orgánica para la Universidad de Sonora: La Ley 4 Orgánica de la Universidad de Sonora. En 1992 se implementa la nueva estructura divisional administrativa contemplada en la Ley Orgánica 4 de la Universidad de Sonora, aprobada en noviembre de 1991, creándose la Vicerrectoría y dos Divisiones: la de Ciencias Económicas y Sociales y la División de Ciencias e Ingeniería, con dos departamentos respectivamente. La División de Ciencias Económicas y Sociales agrupa los departamentos de Ciencias Sociales y Ciencias Económico Administrativas, y la División de Ciencias e Ingeniería, los departamentos de Ciencias Químico Biológicas y Agropecuarias, y el de Física y Matemáticas e Ingeniería Desde septiembre de 1993, bajo las orientaciones del Plan de Desarrollo Institucional implementado por el rector Jorge Luis Ibarra Mendívil, con el compromiso de los universitarios, se inició un proceso de estabilización que transformó radicalmente el ambiente universitario. Hoy se cuenta con una Unidad Regional que se ha ganado un espacio en la sociedad, ya que ha logrado cambiar la imagen y el ambiente interno. El interés por consolidar un proceso de estabilización no es patrimonio de unos cuantos, es el interés de todos los universitarios y la sociedad, por ello es que se plantea el respeto de los más elementales derechos de los universitarios, a la legislación universitaria y una excelente administración de los contratos colectivos de Trabajo; y como política, en este aspecto, alentar el mejoramiento de las relaciones laborales, propiciando la convergencia de todos los actores involucrados hacia fines y estrategias comunes de superación institucional.